انقلاب مشروطه بدون مدخلیت روحانیت نمی توانست به حیات خود ادامه دهد ولی در درون همین نهضت می بینیم با تحریک اجانب نماد این فتنه گری را در اعدام شیخ فضل اله نوری می بایست جستجو کرد. راستی تا بحال ما از خود سؤال کرده­ایم که چرا شیخ فضل­اله نوری اعدام شد؟ برای اینکه آنها می خواستند از اسلام، نسق بگیرند و مشروطه را به یک مشروطه سکولار و لاقید تبدیل نمایند. اگر مشروطه، مشروطه بود، چرا معاندین این شیخ بزرگوار که از استوانه­های فقهی و دینی بود را به شهادت رساندند؟ این در حالی بود که  میرزای شیرازی به افرادی که از تهران به او رجوع می کردند می گفت با وجود شیخ فضل­اله نوری نیازی به رجوع به من نیست و این جمله شأن علمی بالای شیخ را می رساند. با این همه بهتر است  سخن را از زبان خود او شنید که می گفت:"ایها الناس من به هیچ وجه مخالف مجلس شورای اسلامی نیستم بلکه مدخلیت خود را در این اساس بیش از همه می دانم، صریحاً می گویم همه بشنوید و به غائبین نیز برسانید که من آن مجلس شورای ملی را می خواهم که عموم ملسمانان آن را می خواهند به این معنی که البته عموم مسلمانان مجلسی می خواهند که اساسش بر اسلامیت باشد و برخلاف شریعت محمدی و برخلاف مذهب مقدس جعفری قانون نگذارد من همچنین مجلسی می خواهم ..." حال می توان فهمید که چرا شیخ فضل اله نوری به شهادت رسید. مخالفت او با تهی کردن مشروطه از تمامی ارزش ها و آموزه های اعتقادی مردم، اصلی ترین دلیل شهادتش بود.

مدرس اساس کار مشروطیت را در حفظ تمامیت مجلس و تقویت آن می دانست، وی در بسیاری از نطق های پیش از دستور در مجلس، قدرت مجلس را حتی به رخ نمایندگان می کشید که چگونه این مجلس و این مجموعه می تواند منشاء خدمت و اثر باشد. مدرس یک راهبرد اصلی داشت و برای تحقق شعار اصلی مشروطه به جهت تأسیس عدالتخانه اولاً، نیاز به یک مجلس مقتدر و مستحکم داشت و ثانیاً برای پیشبرد اهداف عدالت جویانه، به فکر تأسیس وزارت عدلیه نوین بود. او در این مسیر به شدت از تأثیرگذاری جریانات سیاسی و افکار سیاسی در تشکیل وزارت عدلیه جلوگیری می نمود. وی از چند جهت نگران این برنامه بود. از یک سو شاهزادگان و دوله ها و مراکز قدرت و از طرف دیگر روشنفکران غرب­گرا و افراطی و حتی مستشاران خارجی، به مدرس درخصوص استخدام مسیو آدولف پرنی فرانسوی در عدلیه فشار می آوردند اما او هر بار می گفت او در هر جائی می تواند مستشار باشد الا عدلیه. بعدها در خاطرات صدر الاشراف وزیر دادگستری سال های کشف حجاب رضاخانی می خوانیم که آدولف پرنی در عدلیه چه می کرد. او مسئولیت گزینش قضات را به عهده داشت. یعنی پرنی فرانسوی، روحانیون ما را برای قضاوت گزینش می کرد! تو خود حدیث مفصل بخوان از این مجمل.

خود صدرالاشراف نقل می کند که وی از یک روحانی بنام شیخ علی بابا از میزان تسلط وی بر متون و بر سلوک و اخلاق اسلامی سوال می کرد. در اینجا می فهمیم که مدرس افق فکریش تا کجا رفته بود و دل نگرانی­های او از چه نوعی بود با وجود تمام فشارهای داخلی و خارجی که این شهید والا مقام متحمل شد، توانست در کمتر  از دو دهه، اساس یک عدلیه نوین را پایه ریزی نماید. او توانست یک مجموعه نفیس، ماندگار و قابل استناد از قوانین، تشکیلات و آئین دادرسی جزائی و مدنی را تدوین کند. برای مدرس اجرای دقیق قوانین اولویت داشت، این موضوع هم مبتنی بر یک منطق قوی بود. وقتی یک لایحه ای به مجلس می آمد براساس نیاز جامعه بود او بارها می گفت این قوانین باید صددرصد در جهت مراعات حال مردم باشد. قانونی که نتواند مشکلی از مردم حل کند عدم آن به از وجودش است. بدون شک سنگ زیربنای عدلیه نوین را مدرس در سال 1289 پی ریزی کرد، این تاریخ چهار سال بعد از صدور فرمان مشروطیت بود و او نمی خواست که زمان را بیش از این از دست بدهد. وی با آگاهی از وضعیت عدلیه در آن زمان چنین می گوید: "عدلیه، حقیقتی مهم است. باید احکام شرعی و حقوقی را قاضی بداند تا در عدلیه بنشیند. بنده نمی گویم مجتهد باشد زیرا که مثلاً قضاوت در کار نیست، عمل کردن به علم است از باب امر به معروف و نهی از منکر، عدلیه اقرار است و علم، سابق بر این حاکمی که یک سندی را پیش او می بردند و می گفتند از فلان شخص طلب دارم می فرستاد طرف را می آوردند و به چوب می بستند تا طلب را بگیرد. بعد که مشروطه آمد، آمدیم این مسأله را اداری کردیم، گفتیم یک محکمه ابتدائی و یک محکمه استینافی و یک محکمه تمیز که مجموعاً هفت نفر علم پیدا کنند."

سپس مرحوم مدرس دستیابی به این مهم یعنی عدلیه را که انقلاب مشروطه توقع داشت و مردم شعارش را می دادند چنین مطرح می نماید و این مسیر پر تلاطم و صعب العبور را اینگونه ارزیابی می نماید. زمانیکه وی به عنوان عالم طراز اول جهت مصوبات مجلس انتخاب گردید وقتی وارد مجلس شورای ملی شد و اوضاع را بررسی کرد فهمید وزیر عدلیه وقت برسرکار حاضر نمی شود. او می توانست به جهت صیانت از شأن علمائی خود اساساً در این مسائل دخالت نکند ولی وجود این روحانی مسئولیت شناس او را نمی گذاشت که در یک قالب و محدوده خاص قرار گیرد، در این خصوص مدرس در نطق مجلس چنین می گوید: "به مشیروالدوله می گفتیم چرا در وزارت عدلیه حاضر نمی شوی و کار خود را جداً آغاز نمی کنی، پاسخ داد وزارتخانه ای که هیچ گونه قانون و مقرراتی ندارد حضور در آن چه فایده ای و چه حاصلی خواهد داشت" (در این زمان مجد السلطان معاون وی کارها را رتق و فتق می کرد و مشیروالدوله در کابینه محمدولی خان تنکابنی (سپهدار) پست وزارت عدلیه را در اختیار داشت.) مدرس می گوید به مشیروالدوله گفتم شما همت کنید، برای عدلیه هم قانون نوشته می شود، در نهایت، ایشان به اتقاق امام جمعه خوئی دیگر عالم طراز اول حاضر در مجلس و خود مشیر الدوله کمر همت بستند تا این مهم به سرانجام رسید، مدرس می گوید در شبهای سرد زمستان و یخبندان به خانه مشیرالدوله می رفتیم و توانستیم این اصول را طبق موازین قانونی و شرعی تدوین نمائیم. قسمت اول تصویب آئین دادرسی مدنی و دوم اصول تشکیلات عدلیه شامل سه قسمت، موضوعات شرعیه، موضوعات عرفیه و موضوعات مشترک که این اصول در مجموع قانون آیین دادرسی مدنی را شامل می گردید. زمانیکه این اصول تشکیلات در سال 1290 به سرانجام رسید در پایان چنین مرقوم داشت:

 بسم الله تعالی و له الحمد.

کتاب اصول تشکیلات عدلیه مرکب از دویست شصت و پنج ماده کتاب محاصر شرعیه و صلحیه مرکب از چهل و شش ماده که مجموع کتابین سیصدو یازده ماده است. در کمیسیون عدلیه مجلس شورای ملی شید الله ارکانه در محضر، مذاکره و تحریر شد و در تعیین و تطبیق آن با قوانین مقدس شرع اسلام بقدر القدره و الامکان اهتمام و مراقبت نموده است(سید حسن مدرس- یحیی الخوئی)"

در مورد قانون آیین دادرسی کیفری البته مسیر مشکل تر ازآن چیزی بود که ابتدا مدرس فکر  می کرد ولی این مهم نیز در نهایت با تلاش وی و دیگر همفکرانش پایان یافت. خود وی در نهایت چنین می­گوید: "حقیر در کمیسیون دارالشوری و کمسیون خارج، حاضر بودم و به قدر امکان سعی کردم از الضرورات تبیح المحظورات، امور جزائی که به محاکم صلحیه و محاکم جزایی اختصاصی که بر طبق تشکیلات است ارجاع می شود. موافق شرع انور است و مواد متعلقه به امور اداری مخالفتی با قوانین اسلامیه ندارد(سید حسن مدرس،22 رجب سال 1330 ).

با کمی دقت در این فرازها از سخنان آن شهید والا مقام  مشخص می شود که این انسان تفکر الهی با آن جثه نحیف و بی­اعتنا به ظواهر دنیوی چگونه توانست مقدمات تاسیس یک عدلیه نوین که تحقق شعارهای مردم در طول دهه های گذشته بود را بنماید. مدرس برای عملیاتی کردن این ایده مهم در مجلس ابتدا کمیسیون قضایی را تشکیل و فعال نمود، خود او نیز بخوبی واقف بود که این لوایح و یا طرحها ابتدا باید در مجلس در یک کمیسیون حلاجی شود و مواد آن تنظیم و تنقیح گردد.مرحوم مدرس نوعاً یا عضو این کمیسیون بوده و یا ریاست آن را به عهده داشت. در واقع او مجلس و قوه مقننه را در این جهت تجهیز نمود، وی تنها به حضور در این کمیسیون بسنده نکرد، همت والای مدرس در جهت پیشبرد مقاصد اساسی نهضت مشروطه وی را بر آن داشت که حتی در کمیسیون های خارج از مجلس که نوعاً با حضور وزیر عدلیه و دیگر کارشناسان تشکیل می گردید  نیز شرکت نماید و در نهایت وی به عنوان عالم طراز اول در تصویب و ابلاغ این قوانین حتی لحظه ای درنگ ننماید.

مرحوم مدرس در کمتر از دو دهه از حضور مؤثر خود در مجلس و شرکت در پنج دوره قانونگذاری و عضوی مؤثر در کمیسیون عدلیه توانست مجموعه ای از قوانین بنیادی و مورد نیاز مردم که وزارت عدلیه به آنها نیاز داشت را تدوین نماید. این قوانین در چند قسمت طی سالهای 1289 لغایت 1307 در مورد قانون تشکیلات عدلیه و اصول محاکمات و آئین دادرسی در زمینه های مختلف بود. وی به شدت در این روند از دخالت عناصر سیاسی و افکار مربوط به آن  در تحلیل و تبیین قوانین عدلیه جلوگیری کرد. مدرس در این مسیر دارای یک راهبرد کلان بود و در واقع برنامه عمل داشت. خود او می گوید: "قانون اساسی دستوراتی است که ملت به آن شخص می دهد و حاکم و سائس اگر بر طبق آن عمل نکرد ظالم و متعدی و لازم الدفع است، پس دستوری که ملت به اداره کنندگان داده همین قانون اساسی است و وظیفه وکلا هم در همین قانون اساسی مشخص شده است"

او ملاک را به دقت تبیین کرده بود، اجرای دقیق قانون اساسی، در این رابطه مدرس در طول نمایندگی بر این اصل مهم در تمام اوقات تکیه کرده است. مجموعه قوانینی که وی و دیگر دوستان و همفکران او در طول دو دهه انجام دادند، مجموعه­ای نفیس و ماندگار می باشد که در تاریخ عدلیه ایران همیشه می درخشد. مجموعه آیین دادرسی مدنی که در تاریخ18/2/1307 به تصویب رسید از جمله آخرین یادگارهای وی و همفکران او می باشد. استحکام این قوانین و آیین های دادرسی بقدری است که مثلاً آیین دادرسی کیفری تا سالیان اخیر نیز در سازمان قضائی مورد استفاده و استناد قرار می گرفت. مشروطه و عدلیه بی نام مدرس اساساً بی معنی و بی مفهوم است. تلاشی که این شهید والا مقام در این عرصه از خود نشان داد و در زمانیکه حتی بسیاری از افراد متدین ورود خود را به عدلیه مصداق روشن اعانت به دستگاه ظلم و جور می دانستند، نوع نگرش وی و دعوت ایشان از فضلا و اندیشمندان برای ورود و فعالیت در عدلیه از جمله اقدامات بی نظیری است که فقط از عهده چنین شخصی برمی­آمد، از این رو می بینیم که قضاتی که ایشان با تربیت الهی و انسانی به عدلیه معرفی نمود با تسلط بی نظیر و همه جانبه احکامی را در تاریخ عدلیه صادر کردند که اگر نگوئیم بی نظیر حتی در تاریخ قضاوت های ایران کم نظیر هستند.

سیدمحمد میرزمانی